Создал в VS2008 Setup Project. Как результат - 2 файла: setup.msi и setup.exe.
Вопрос: зачем нужен setup.exe? У меня всё устанавливается при запуске setup.msi
А setup.exe, хотя и весит 456Кб, но в Win2k не запустился, а в висте полез в Инет качать .NET 3.5, я в Инете не был и он отказался дальше продолжать установку.

Если я не ошибаюсь, Setup.exe проверяет параметры среды и они соответствуют требованиям, вызывает Setup.msi.
По поводу .NET 3.5, а ты какой .NET выбрал, когда создавал проект?