Сразу прошу извинения если не угадал с  разделом, просто вопрос затрагивает как работу с Гуи так и с базой. Но как по мне так больше с базой.

Создаю админку для контроля регистрации ip-адресов в универовском общежитии. Это мое первое приложение серьезное. До этого с базой+Java не работал. Проблема заключается в следующем. В NetBeans создал GUI приложение работающее с Mysql. То что предложила мне IDE мне понравилось, осталось только доработать. А именно прикрепить авторизацию+настройка(адрес сервера - использется 2 подсети). Нашел что для работы с базой создается xml файл persistence.xml, в котором хранятся логин, пароль и адресс. Хочу реализовать авторизацию так: по запуску программы вываливается окошко? которое запрашивает логин и пароль к базе и далее следует обработака. Если пароль не правильный то вываливается ошибочка и повторяется все снова. Только вот не знаю как это сделать правильно. Подскажите пожалуйста в каком направлении копать в данном случае.

Есть рассуждения что при вводе пароля и логина нужно парсить xml и вставлять в нужные поля значения, а потом по завершению удалять их. 

рассуждения не совсем верны.
Для начала не следует лезть в JPA (persistence.xml - это из этой оперы), обратите внимание на Hibernate + почитайте
про Swing (для GUI) + что-нибудь про архитектуру (MVC, шаблоны проектирования)

А вообще для такого рода задачи стоит ли использовать NetBeans проект? Возможно лучше написать все с нуля?

Думаю стоит писать с нуля - дабы пришло понимае сделанного.
если бы были знания, то можно использовать сгенерированое NetBeans
(хотя, думаю когда есть знаниями генераторами такого рода перестаешь пользоваться)

Спасибо за подсказки. Буду писать с нуля. Потому что действительно хочу разобраться.

Удачи !!!