есть список Шаблонов и масив указаний в виде масива (ID,NAME,TYPE,VALUE) какой подключать в зависимости от структуры где ты находишься или отпараметра?

Принцеп действия:

при запуске движка стрется массив шаблонов подключается файл указаний в виде массива

далее определяется в какой директории ты находишься и посредством перебора переметров определяется шаблон 

далее идет вывод шаблона верхней части (всего две верхняя и нижняя)

далее контент страницы

далее идет вывод нижней части шаблона.

Как выглядит страница 

<?
include '/file1.php'; // тут идет запуск ядра и вывод первого шаблона
?>

ТУТ идет текст контента.... 

<?
include '/file2.php'; // тут идет вывод второго шаблона. продолжения первого.
?>

Решение не нужно нужно только ваше мнения и в чем могут быть ошибки и неудобства при создание такой системы. 

Не всегда страница имеет такую структуру. А при разделении шаблона на шапку и подвал есть одна проблема -- теги открываются в одном, а закрываются в другом. В итоге при такой структуре сложно отлавливать ошибки бывает. Имхо для простых сайтов лучше держать отдельно шаблон страницы, назовём его layout, а шаблоны отдельных элементов на странице отдельно. Это позволить просматривать и проверять вёрстку по частям, открывая шаблоны в браузере. А предложенную вами структуру полезно использовать тольок тогда, когда вывод основного содержимого страницы может быть долгим, тогда выводят шабку с нивигацией и т.д., делают flush и потом выводят остаток страницы по мере парсинга данных или получения их из БД.

Ну насчет тегов да есть такое не удобство наверно при редактирования шаблона сделаю разделитель  пусть потом сам делит на две части голову и низ.

Насчет шаблонов отдельных элементов будут подключатся типа как снипеты (включаемая область)  через специальный интерфейс, так для удобства администрирования и редактирования их удобнее будет. 

+ шаблонов n количество будет и их можно задавать или на определенную страницы либо на множество страниц в зависимости от уровня вложенности сайта от корневой директории. либо не использовать шаблон.

по сути дела на один сайт требуется 2 шаблона один на главную страницу.Второй для простых страниц. Но бывает и на оборот, все зависит от структуры сайта.

Помимо снипетов есть еще управляемые компоненты которые также имеют свои шаблоны вывода + ко всему имеют  свою логику взависимости от компонента.