В общем нужен парсер, который сможет выстроить дерево классов, с наследованием и прочим. Грубо говорят как в обычном IDE. Немного погуглив на это тему не смог найти однозначного ответа. Вроде бы ANTLR неплох, однако все доступные правила парсинга C++ для него - устарели и новые версии их не кушают. Elsa попросту давно не обновлялась и mingw ее собирать не умеет. В общем не знаю в какую сторону рыть, хочется готового решения, какую-нибудь библиотеку кроссплатформенную, которая сможет сохранять "отпарсенные" данные в двоичный файл и подгружать из него.

а сама подсистема в gcc не умеет (там вроде отдельная часть разбором занимается и строит некую "абстрактную модель" , которую передает оптимизатору)?

http://www.gccxml.org/
http://clang.llvm.org/ — C++ пока понимает слабо, но, возможно, иерархию классов от него получиться удастся.

Масса софта так или иначе работает с иерархиями классов в C++, явно обходясь без полноценного парсера: doxygen, emacs ebrowse... Возможно, стоит попытаться выдрать релевантную часть.