Есть xml документ. DomDocument.
Сохраняю его в файл $domDocument->save($filename);

В файле xml одной строкой. Как его отформатировать, так чтобы каждый тег было с новой строки, а вложенные теги выводились с отступом.

на самом деле сложный вопрос.
интуиция мне подсказывает, что все решается применением поля formatOutput объекта класса DOMDocument. Но я могу ошибаться.

skyboy, интуиция вам верно подсказывает