Со страницы запускаю приложение, окно которого открывается позади окна браузера. Как перевести фокус  (сделать окном верхнего уровня) на окно открывшегося приложения с помощью javascript?

никак. javascript позволено работать только с окнами браузера. ну, или IE + ActiveX. Увлекательно другое: почему сама запускаемая программа не может захватить фокус?

Открываю Excel со страницы посредством вызова объекта ActiveXObject("Excel.Application"). 

Excel = new ActiveXObject("Excel.Application");

Далее вылазит сообщение о том, что ActiveX может содержать вредный код. (от него тоже хотелось бы отделаться). Фактически это сообщение все портит, тк видимо уводит фокус. при повторных запусках такого сообщения не возникает и Excel открывается в окне "сверху".

Book = Excel.Workbooks.Add();
Excel.Visible = true;

Открывается и показывается окно Excel на заднем плане. Хотелось бы команду JavaScript или VBA чтобы сделать окно Excel верхнего уровня.