Здравствуйте, столкнулся с такой проблемой: У меня два класса в ходе программы я открываю 2-е окно . Но при закрытии второго окна (dlg2->DestroyWindow()) первое зависает. В чем проблема?

Если ты разбираешься в своем коде примерно так же как формулируешь вопросы, то проблем избежать трудно...
Серьезно, ты полагаешь, что изложенного тобою достаточно для ответа?

Вообще то попахивает тем, что DoModal не завершается.

Наверное...
Если окно создано как DoModal() то закрывай его с помощью EndDialog(int ...) от CDialog class
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/wddd3ztw.aspx