На c++ часто встречаю код, где всегда полностью указываются имена классов, структур, функций и.т.д. boost::shared_ptr std::cout
Более того многие источники так и советуют делать вместо к примеру using namespace boost; using namespcae std;
Почему так?

собери этот код и все поймешь

Ко всему нужно отноститься разумно. using namespace вносит в глобальную область все имена данного namespace, поэтому как-бы нивелирует все выгоды от его использования и порождает двусмысленности. Тем не менее, от категоричных высказываний я бы отказалась. В нашей группе действуют такие правила: в хедерах usind namespace запрещено категорически; внутри cpp файла запрещено using namespace std, но можно boоst и свои пространства; наконец, внутри функции - что угодно.

У нас аналогично. Но в cpp файлах разрешено использовать только раскрытие области имен того класса, который в нем описывается.

А как объявить using namespace внутри функции?

написать using namespace внутри функции?

Написать using namespace внутни функции.

Для того, чтобы не пересекались имена функций/классов из разных модулей.

Вот пример из жизни.  Есть функции std::min \ max. И вот один умник в заголовочном файле ну очень большой программы однажды пишет using std::min; using std::max, решив, что функция эта используется очень часто, и влом лишние буквы писать. А чтобы не путать это дело с макросами min\max из windef.h (наследием славного C), в том же заголовке добавил #undef min, max. Типа сделал всем хорошо. И длилось это "хорошо" довольно долго (несколько лет). 
А потом к приложению подключили 3d-party библиотеку. А там использовались макросы min\max из windef.h. Не так, чтобы часто, но зато в заголовках (в инлайн-функциях). В общем, тут счастье и кончилось, т.к. std::min\max - функции, требующие четкой типизации аргументов. Т.е. вызывать max с аргументами "немного" разных типов (int, UINT) - не пройдет (без лишних слов). А библиотека, использовавшая старые добрые макросы, именно так и поступала, не заморачиваясь.
Короче, пришлось все эти голые min\max из приложения выкорчевывать (в количестве многих сотен). Еще то счастье... 
А теперь представьте, что a) в библиотеке  нет путаницы с типами б) речь идет не о min\max, а о какой-то другой функции, причем представление о том, что эта функции делает, у библиотеки немного другое... Компилятор ничего не сообщит, только вот работать это будет через ... раз.
В общем, using - это оружие массового поражения, нужно применять аккуратно.