1)
Известна правильная последовательность чисел: 37, 12, 32, 12, 28, 4
Получена некоторая другая последовательность этих же чисел: 37, 12, 32, 28, 12, 4 или что еще хуже 12, 32, 28, 37, 4, 12 (сильно не правильная последовательность)
Нужно узнать некоторый показатель правильности составления последовательности. В проуентах например. Может я не прав и надо это как-то иначе представлять?

2)
Все тоже самое. Но в отличии от исходной последовательности во втрой последовательности чисел могут быть посторонние числа. Но кол-во чисел в обоих последовательностях одинаково. Кроме посторонних чисел могут быть повторения.

3) 
Тоже что и п.2., но посторонних чисел может быть сколько угодно. То есть исходная последовательность имела 6 чисел, а вторая уже 7 чисел или даже 10.

Добавлено через 2 минуты и 11 секунд
P.S. Вообще все это я буду делать на PHP (на JS делать не безопасно по определенным причинам).

Win MK 32, Если числа можно упаковать в строку, то лучше пользоваться строковыми функциями.
similar_text, levenshtein.

Если нельзя - читать про эти алгоритмы в Гугле и писать самому...