Есть программа загрузчик BootLoader.bin (рабочая, ровно 512 байт ).
Вопрос как, с помощью чего можно её поместить на бут сектор дискеты?

Использовал программу WinImage 8. С её помощью смог добиться загрузки загрузчика толко с ФЛЕХИ, проверил загрузчик делает дело. А после записи созданного образа дискеты , с внесенным в бут зарузчиком, на дискету ОСь просит её отформатировать.

Пытался использовать rawwrite for win, но четно, она просит для записи файл формата *.img, а как я его создам да и в бут кину загрузчик!?

-------------------------------------------------------------------------------------------
В общем получилось только в флешку поместить, а как именно в бут дискеты? 

  

diskedit
winhex
etc.

Вот здесь моя ошибка, само - собой ось будет просить её переформатировать, т.к. запись "сырых" данных в начало дискеты затирает файловую систему! И посему такая реакция ОСи. 
-----
В общем для записи в бут загрузочной программы  использовал  rawwrite for win.(можно WinImage)
В последствии дискета штатными средствами ОСи не читабельна, что неозначает её не исправность, BIOS удачно запустил прогу. 
-----
Вот только два вопроса
    -  Исходя из удачной записи в бут флехи, что по идее тоже затирает файловую систему, почему она в последствии робит!? Видимо есть разница.
    -  И всё же мне бы хотелось бы, чтобы дискета оставалась в рабочем состоянии!  

Дай исходник кода - посмотрим.