Есть две физически разделенные сетки (одна смотрит в инет, другая локальная).
Между ними железка, которая переключаеться между этими сетями.
В железяке есть файловая система, где будут временно храниться почтовые сообщения в виде файлов. 
Надо организовать "движение" почты из сети "А" в сеть "Б" через эту файловую систему.
Как это дело можно организовать?

По ходу с двух строн почтовые серваки (Exchange Server).
Мне не ясно как можно транслировать исходящую почту из внутренней сети в файловую систему?

Вопрос такой. А тот сервер, где "файловая система". Нельзя ли там установить программу ? 
Если нет , то с точки зрения программирования могу предложить такое решение:
На обоих сторонах ставим программы( конечно же их надо написать), которые посредством файлов на промежуточном сервере будут общаться. Т.е. можно через file-mapping сделать там файл , и использовать его как файл синхронизации.
А там уже с первого сервера передаем на промежуточный , откуда его получает программа со второго сервера!

Это не сервер, это простая железяка (флеш носитель), который периодически переключается между двумя физически разделенными сетями (т.е. между двумя Mail-серверами). Один сервак смотрит в инет, другой находиться во внутренней сетке.

при чем тут C++ ? вам на sysadmins.su надо.