Проблема такая. Есть основной домен example.com, есть поддомен sub.example.com - там файлы для кэширования. С основного домена идёт управление этими файлами через абсолютный путь к ним. Но, при переезде на вирт. сервер, почему-то доступа к ним нет с основного домена. Также и поддомен не может загрузить библиотеки с основного домена, но эта проблема просто решается путём перемещения библиотеки туда.

Внутри основного домена, обращение по абсолютному пути к файлам идёт без проблем, также как и внутри поддомена. Но взаимодействовать между собой они никак не могут.

Где и что настраивается? Кто-то знает в чём это дело?

Если вирт сервер настраивали вы сами, то нужно проверить в первую очередь права на запись для пользователя под которым проиходит запуск вебсервера (обычно www, web, httpd, apache). Если заливали на сервер по FTP, скорей всего права срезаны только до уровня чтение всем, запись только владельцу (тот под чьим логином заливали)