Проапдейтили проект до 3.5 и VS2008. И начались проблемы ...
Было сделано:
http://forum.vingrad.ru/forum/topic-249959...y1815643/0.html
Теперь же появилось три проблемы:
1. Build Setup Projecta не гарантирует появления изменений. Иногда приходится два раза билдить с очисткой Solution. И это не было бы критично...
2. Раньше при установленном свойстве RemovePreviousVersions = True предыдущая версия программы удалялось до наступления события Install в унаследованном классе. Теперь же она удаляется после, вместе с нужными мне файлами. 
   Я пробовал вешать код на событие OnAfterInstall - тот же эфект. Файлы еще есть, и они удаляются при uninstall. В VS2005 такого поведения не было. 
   Я попробовал переопределить событие OnAfterUninstall - оно даже не вызывается (я примитивно поставил MessageBox.Show). Естественно я создал CustomAction на Uninstall на основе Primary output from ... (Active) в котором и находится унаследованный класс. 
   Мне нужно:
1) Либо вставить действие на (или на любое другое) OnAfterUninstall - в котором из TempleFolder будут скопированны необходимые мне файлы конфига.
2) Либо найти способ переписать файлы после установки. Пока идей нет   . Завтра буду думать еще. 
   Если кто нибудь сталкивался - буду благодарен за совет или указание моей ошибки. 

По пунктам 2. и 1) и 2) сказать ничего не могу, но по своему опыту по пункту 1. могу сказать, что когда солюшен большой и в нем много проджектов, которые один с другим сильно переплетаются референсами, то иногда студия начинает тупить в плане их пересборки. Плюс к тому, нужно взять себе за правило, что при перекомпиляции какого-то проекта, желательно перед этим делать Clean и Rebuild всего солюшена. Тогда студия с самой корневой цепочки всё пересобирает и глюков нету. Тоже было такое, что вроде изменил в одном проджекте что-то, сделал Билд и проект начинает себя вести всячески но только не так как нада.Появляются всякие ошибки, ругается на классы и неймспейсы и т.д. 
Для этих целей я сделал себе батник, которому вне студии кормил файл .sln  и он сам все клинил и ребылдил. Этот же батник можно всунуть как кнопку в Тотал Коммандер и при перетаскивании на него любого солюшена, он будет его пересобирать по всем правилам. 



Еще такое возможно, что при конвертации с 2005 в 2008 нарушилась последовательность сборки (опять же бывает когда сильно много проджектов в солюшене и хистросплетение референсов между ними.) Если под SVN остались исходники проекта в 2005 студии, то желательно сверить ProjectDependencies (правой кнопкой на любом проекте - > ProjectDependencies). ТАм будут показаны зависимые проекты от этого проекта. Вероятно что там при конвертации (та такого и без переконвертаций случалось) могла похерится какая-то зависимость и студия не может нормально отследить цепочку записимостей, отчего и приходится пересобирать по несколько раз. А еще лучше выкроить час времени убить все референсы между проектами вообще и попроставлять их с самого главного проекта заново. Это займет примерно один человекочас, но зато есть большая вероятность что всё вылечится (у меня в практике такое было). 

Спасибо за ответ.
Дело в том, что проект сам по себе билдится и работает нормально. А вот Setup Project - нет... 
Сегодня буду пытатся переопределить custom action на маленьком тестовом проекте... сил нет больше ждать по 5 минут пока сбилдится большой проект...