Здравствуйте есть задача реализовать поиск по документам, но основная ее трудность в том, что из документов нужно вытаскивать содержимое.
какие-нибудь библиотеки существуют для индексикации докуметов формата doc, docx, exl, pdf. Или что лучше использовать для реализации?

все сводится к одноразовому преобразованию документа в текст и созданию индекса слов. В свое время для извлечения текста из ДОК использовал antiword. Для других форматов тоже есть библиотеки -- тут уж гугл в помощь

не стоит делать упор на PHP библиотеках.
если есть возможность запуска собственный программ, стоит поискать конвертеры, которые могут быть запущены из командной строки. и попробовать заюзать тот же open office или microsoft compability pack для преобразования в txt.