Здравствуйте.

Нужно показывать на графике большое кол-во данных. Для примера сейчас в БД (MySQL) у меня ~28тыс. строк и в каждой строке 4 значения, т.е.  получается 112тыс точек. Суть в чём: для избежания переполнения памяти я делаю запросы с лимитом по тысяче, пока не кончаться данные. Вот тут главные тормоза получаются. Если делать запрос без лимита, то график строиться около 2х секунда. Если делить - 88 секунд.

Кто что может сказать по этому поводу?

Ещё вопрос непосредственно связанный с JFreeChart'ом. для добавления на график точек(я использую TimeSeries) использую метод addOrUpdate(), т.к. данные можно выбирать по периоду времени. Так вот, при первом запросе строится всё быстро, а дальше медленно, очень медленно. Он видимо делает там проверки какие-то. Но при первом вызове он же быстро всё делает. Я сразу подумал надо самому всё чистить. Делал clear() у TimeSeries, но безрезультатно. Кто что может знает.

Как раз таки операция выборки значений из базы по-отдельности займет (как и показал ваш опыт) намного больше времени,
чем запрос всех значений разом.
Если нет смысла делать такое разделение одного запроса на части - не стоит этого делать вообще.

Подобное разделение может быть полезно если вам нужно, например, отобразить часть данных 
и по каким-либо операциям запрашивать последующие порции.


А для графика используйте данные полученные 1им запросом.
Если же вам нужно что-то отсеять из данных - сделайте это желательно в самом запросе, чтобы не тянуть из базы лишних данных