Вот таким образом можно получить все отмеченные ветки первого уровны

            var childNodes = tree.getRootNode().childNodes;

                for( j = 0; j < childNodes.length; j++ ) {                    
                    
                    if (childNodes[j].attributes.checked==true)
                    {
                        //некие действия
                       
                    }            
                    
                }

а как пройтись по всему дереву???

Ну, ответов я так и не дождался кому интересно 

получить все отмеченные ветки можно так

         selNodes = tree.getChecked();

                Ext.each(selNodes, function(node){
                    if(Str.length > 0){
                        Str+= ', ';
                    }
                    Str+= node.id;
                });
    
      alert(Str);