Допустим есть 2 xaml файла (file1.xaml, file2.xaml)

В file1.xaml объявляется элемент ComboBox: 
<ComboBox x:Name="cb"
                    Grid.Column="1"
                    VerticalAlignment="Center"
                    Width="50"
                    Height="25"
                    FontSize="15"/>

В file2.xaml.cs должен использоватся код вроде этого:
...
cb.Items.Add(i + 1); // Filling ComboBox
...

Но file2.xaml не знает что такое "cb"
Вопрос: Как правильно обратиться к cb в file2.xaml.cs?

речь о двух разных формах? )

Да, есть основное окно и UserControl.

тогда Вам сюда - http://forum.vingrad.ru/forum/topic-52713.html