Собственно
Есть программа
программа запускает скрипт на баше
скрипт выполняется в окне виртуального терминала например xterm
как сделать так что бы пользователь не мог закрыть окно xterm'a

решений я тут вижу несколько:
1) перехватывать нажатие на кнопку закрытия окна
2) просто убрать заголовок окна
3) запретить завершение процесса

может это можно сделать передав определенные аргументы виртуальному терминалу

непосредствено с Xlib ниразу не работал так что понятия не имею как это реализовать

Второй день гуглю немогу найти решение ...

Никак. Пользователь - бог, может закрыть любое окно. Но вы можете продолжить свой процесс даже после того, как его терминал был убит. Именно так делает wget например. Если не ошибаюсь, вам нужно ловить сигнал SIGHUP.