Как скомпилировать проект в jar, чтобы после копиляции в архиве jar файлы были с таким именем a.class, b.class, c.class, а не Name1.class,NameFile2.class ???

Взять обфускатор, если используется уже - попробуй другой или почитать доки по своему. 

eugine_s, Спасибо