Проблема глобальных переменных в модперл скриптах ни для кого не секрет. Заметил интересную особенность, если глобальную переменную (ей присваивается значение параметра post-запроса) в скрипте объявить как our, то ее значение всегда будет актуальным - при доступе к ней во всем коде, в том числе в подпрограммах она всегда содержит самое "свежее" значение, то есть то, которое было передано скрипту в последнем вызове. 

На сколько корректно так использовать глобальные переменные в mod_perl ?

корректно. да вообще проблем с ними никаких нет.
Единственное отличие от CGI режима - то что глобальные переменные не обнуляются.
т.е. инициализируйте все свои переменные руками, как этого требуют ВСЕ руководства по ЯП, и будет вам счастье