ads
ad_id, description, user_id,....
1, Продаю - срочно, 22

ad_setting_types
ad_setting_type_id, value
1, цвет
2, кузов
3, кпп

ad_setting_type_options
option_id, ad_setting_type_id, value
1, 1, желтый
2, 1, красный
3, 1, зеленый
4, 2, хетчбек
5, 2, седан
6, 3, механика
7, 3, автомат
8, 3, вариатор

таким образом мы можем описать зеленый хетчбек с механикой как
ad_settings
ad_id, option_id
1, 3
1, 4
1, 6

Рабочая схема, но столкнулся с проблемой когда пользователь заполняет customное поле 

типа пробег, цена, грузоподъемность. Как и куда сохранять данные?

Это всё формализуемые поля.
Но вообще структура крайне неудобная.

А какая в такой ситуации удобная?

Добавлено через 8 минут и 52 секунды
а если такой вариант ?
http://img707.imageshack.us/img707/3250/87734385.jpg

Лучше сделай таблицу ads сразу с основными полями цвет кузов кпп 
потом для кастумных полей делай другую таблицу PROPERTY где будут поля id_ad b property - можно в него пихать все кастумные свойства объявления через serialize (т.е. в поле будет храниться масив свойств) .