Я сделал обычное 3х уровневое приложение с использованием WCF и WPF. К приложению подключил фортрановские (1985 года рождения) модули. У меня спросили, какая научная новизна, и оказалось - никакой. Точнее новизна в области физики есть, но с точки зрения аналитики компьютерных систем нет. Вот есть у кого какие идеи, что тут можно до напридумывать?

Ну все правильно вам сказали. Если это диплом ВУЗа, то научной составляющей тут нет. Тупые программы это не уровень высшего образования (вам недвояко намекнули что программист это не кодер имхо).
Проведите исследование отказоустойчивости сервера например с различными характеристиками входящего потока запросов, различными байдингами и т.д. Сделайте вывод по работе. Предложите пути изменения ситуации и сделайте тестовый стенд, демонстирующий вашу методику. На мой взгляд при такой постановке задачи как у вас тут особо более ничего и не придумаешь.... Научной составляющей тут достаточно для студента 4-х курсов (бакалавриат) имхо...