Ситуация такая.
Ни по своей воле, есть два .jar архива, в которых лежат разные классы с одинаковыми именами. Модифицировать их нельзя.
При этом один из архивов должен лежать в %JRE_HOME%/lib/ext - т.е. по-умолчанию попадает в CLASSPATH.
Второй архив лежит рядом с программой и добавляется в CLASSPATH в файлеке MANIFEST.INF архива программки. Так вот, эта программка зараза, грузит не тот архив, который прописан у нее в MANIFEST.INF, а тот, который лежит в /lib/ext. Как можно сказать программке, чтоб брала она именно этот архив?

Никак, это невозможно. Единственная полуальтернатива - это выгружать класслоадером ненужный класс, и загружать нужный. Но я не уверен, что и это возможно из заданного jar, а не из заданного пакета.

1. Попробуй с параметером -Xbootclasspath  (java -X for help)
2. Если есть возможность - написать загрузчик с альтернативным класс-лоадером который и будет делать всё правильно.

спасибо, то что доктор прописал
использовал

Есть один трюк из разряда чистого хака. JAR - это ведь с точки зрения ОС обычный архив содержащий некие файлики. Дык вот - берем из JAR'а в lib/ext нужный .class файл и заменяем его на тот который лежит в архиве рядом и прописан в MANIFEST.INF