Здравствуйте,
Я столкнулся с такой проблемой, у меня есть объект Product, в нем есть ArrayList объектов Features, промэпленный как @OneToMany(fetch = FetchType.EAGER,cascade = CascadeType.ALL ),Объект Feature c Product никак не связан, то есть связь однонаправленная
Хибернайт создаёт таблицу ассоциаций product_feature в которой сопоставляет праймари ключи из обеих таблиц
При сохранении путём
 
Всё сохраняется нормально, но при апдейте данных путём

Возникает следующая проблема - коллекция Features в таблице Features переписывается заново, то есть если в Features были такие днные: 1 2 3 4 , то при добавлении к Fetures нового элемента (пусть будет 5) и апдейта Product в базе теперь будет  1 2 3 4 1 2 3 4 5 , то есть данные чего то дублируются
Если вместо 4 вписать 5 и проардейтить Product то в таблице будет 1 2 3 4 1 2 3 5
При этом в таблице соответствий (product_feature) каждый раз при апдейте одному и тому же уже сохранённому Product ставится в соответствие новая коллекция
Почему так происходит? Помогите,пожалуйста, разобраться 
Заранее благодарен за помощь

Объекты никак не связаны - это как-то непонятно. Лучше тогда уж код привести. И таблицы.

А как вы получается список Features у продукта? 

СКорее всего нужно делать не просто 
product.setFeatures(List<Features>)

а вот так: 
product.getFeatures().add(feature)

Второй вариант, отсутствие обратной связи.

Третий вариант, работайте со списком Features безотносительно родителя Product, они же у вас ничего о свеом продукте не знают. 
List<Features> featuresOfProduct = product.getFeatures();
Теперь работаем с фичами с каждой по отдельности. Кого-то убили, кого-то созранили путем feature.setProduct(product), getHT().save(feature, feature.getClass()).
В следующий раз, когда вы подтянете свой product.getFeatures() - новые фичи будут в списке, а старых не будет.

mapping of product

mapping of Feature


Сохраняю


Обновляю


Добавлено через 9 минут и 34 секунды

Product у меня представляет собой command object в модели MVC , List Features заполняется из формы после чего в onSubmit() контроллера вызывается привелдённый выше метод обновления продукта
Я бы даже не заметил этой проблемы если бы случайно не полез смотреть базу руками...

Table product_feature
Product_id Feature_id
67;            73
67;            74
67;            75
67;            76

Table feature
Feature_id   Служебные String
69;            "222";"222"
70;            "222";"222"
71;            "222";"222"
72;            "222";"222"
73;            "222";"222"
74;            "222";"222"
75;            "222";"222"
76;            "222";"222"

Сначала я сохранил продукт c id 67 c листом feature c id 69 70 71 72 
Затем я просто вызвал getHibernateTemplate().update(product); после чего 
прежняя коллекция была "отвязана" от моего продукта (но в базе осталась)
вместо неё была создана новая - с id 73 74 75 76 т привязана к старому продукту с id 67,
что и видно по таблице product_feature

Насколько я понял вы используете Spring MVC.
Покажите метод formBackingObject. Уверены что правильно получаете объект для редактирования?

Нашёл причину трабла
Каждый раз при обновлении в коде чего то создавалась новая коллекция, нужно было просто чуть глубже капнуть (код не мой поэтому я и не в курсе был)
Теперь получаю старую коллекцию и апдейтю её, всё работает
Всем СПАСИБО за отклики и советы