Нужно сразу после запуска, получить список всех библиотек, используемых приложением. Проблема состоит в том, что сразу после запуска, не все библиотеки загружены. Некоторые загружаются только тогда, когда приложение их использует и System.Diagnostics.Process.Modules их не содержит. В моем случае, приложение юзает несколько нативных dll, которые в списке появляются не сразу. Понятно, что можно сделать так, что-бы они были загружены в адресное пространство процесса раньше. Но это совсем не хорошо, нужно каким-то образом, определить, что приложение зависит от этих библиотек, не влияя на состояние приложения.