Создал табличку1 в базе1. 
Создал базу2.
Скопировал файлы таблички1 в папку базы2. 
При обращении к табличке1 в базе 2 пишет что такая таблица не существует...
Разве в MySql нельзя заменой файлов переносить базу?

можно, но осторожно.
при переносе innodb-таблиц надо учитывать, что именно переносить.
да и с myisam тоже непросто: предварительно таблицы надо залочить.
лучше используй mysqldump или mysqlhotcopy для переноса.

innodb, 
если не  трудно в двух словах ...