Доброе время суток! Есть такое задание:
Разработать и реализовать систему клиент-сервер, в которой сервер выполнен в виде службы windows, а клиент позволяет пользователю взаимодействовать с сервером с использованием графического интерфейса и управлять работой службы (установка, запуск и остановка службы). Программу клиента разработать с использованием языка C#. Сервер индексирует текстовые файлы в определенных каталогах и предоставляет возможность осуществлять поиск по словам в этих файлах. Запрос на поиск может содержать подстановочные символы * и ?. Клиент отображает запрос на поиск, результаты поиска. Также клиент задает интервал времени для автоматического начала индексации или принудительно запускает/останавливает процесс индексации. 
У меня вызывает вопросы процесс индексации. Я не совсем понимаю как должен выглядеть индексный файл, как его формировать и т.д. Если кто-нибудь сможет дать дельные советы, рекомендации, а самое главное литературу, буду очень благодарен.

Почитай как гугл устроен.
Файлы не наш путь. Используй готовую  БД с СУБД.

Таблицу слов в которой прописаны в каких фаилах эти слова встречаются.
И для каждого файла таблица слов с их позициями в которых стоят эти слова.

В MySQL есть индексы FULLTEXT, в Postgres тоже есть полнотекстовой индекс, да еще и с морфологическим поиском. Заводить отдельную таблицу с какими-то позициями слов - велосипед.

Если можно поподробней описать как вы представляете себе процесс индексации.  Если я правильно понял то необходимо в БД добавлять содержимое текстов файлов и для поиска использовать FULLTEXT? 

Это был ответ на сообщение Pavia. Если вас устраивает база данных вместо файлов, то просто создаете для поля базы данных индекс FULLTEXT (mysql). Затем можно искать потому полю, в том числе с помощью символов *. Там есть несколько режимов поиска, с.м. документацию.