Такой вопрос возник: что нужно сделать чтобы проект Flex можно было создать и запустить на сервере из базового пакете Денвера 3?
Какие настройки нужно выставить в билдере/денвере? 
(неплохо было бы со скринами)

Так, опиши пожалуйста конкретнее, что именно тебе надо.
Денвер 3 состоит из Апача, мускула, ПХП, ну и пары плюшек.
Флэш Билдер создает свиф-файлы или ЭЙР-приложения.
Что ты хочешь запускать на денвере? Полученную флешку? Тогда просто в index.php/html вставляй её, и будет тебе счастье.
А если у тебя какие-то проблемы с взаимодействием приложения и сервера - это другой вопрос.

пусть сайт располагается по следующему пути Z:\home\flash.ru\
дальше создаётся новый проект


а вопрос такой, что нужно в поля вводить на скрине снизу (или же нужно где-то что-то ещё поменять/удалить/добавить), чтобы при нажатии на кнопку "Проверить конфигурацию" никаких косяков не возникало и проект создавался, и дальше работать с кодом и запускать то что получилось?

А можно поинтересоваться, ты знаешь, что значит выбор серверной технологии в Флексе и как с этим работать?
И как ты собираешься использовать ПХП-серверную часть?
Если че, то в корневой каталог пиши папку home/flash.ru/www (вродеж денвер в ВВВ хранит файлы? Или третий уже нет?)
в УРЛ пиши адрес, по которому лежит денверовский сайт. У тебя http://flash.ru
В третей строке название папки в корне сайта, куда будет сам свиф выгружаться.