Что лучше поддается оптимизации для поисковиков, CMS или сайт написанный вручную?
Прошу поделиться опытом. Спасибо.

С правильно написанным сайтом точно проблем не будет.
Другое дело, что для многих CMS уже созданы SEO-расширения, плагины и прочее.

Особой разницы нет, раскрутке одинаково хорошо поддается и то и другое, но лучше получить качественную раскрутку и продвижение сайтов - http://www.topgorod.ru

Сайты на HTML ИМХО настраивать можно точнее и эффективнее (если разработка ведется с нуля). SEO возможности средствами самой CMS,  которые реализованы зачастую слишком топорно, обычно имеют ограничения в виде "нарушения дизайна шаблона". Хотя на CMS Jumla, например, "на автомате" неплохо работает внутренняя перелинковка и достаточно просто ставятся сквозные ссылки. Знаю сайты на World Press, которые только засчет мощной внутренней перелинковки и достаточного количества текста с кейвордами имеют неплохие позиции по низкочастотным информационным запросам (некоммерческим).