Привет. 

Проблема такая. Сейчас на сайте urlы вида
site.ru/folder/?id=value

Нужно сохранитеть эти адресса как есть, но что бы на сервер отправлялся запрос в таком виде
site.ru/folder/id/value

Тоесть это задача наоборот от той которую обычно решаю. Обычно хотят по site.ru/folder/id/value обратиться к site.ru/folder/?id=value, а мне нужно наоборот.

Проблема тут в знаке вопроса. mod_rewrite как будто не видет этого символа и все что за ним идет. Если бы на его месте стоят какой либо другой символ то ни како проблемы бы не возникло

Сам с этим уже пол дня провозился и по форуму искал. Ответа не нашел.

Спасибо за помощь

Разобрался сам 
Ответ:
RewriteCond  %{QUERY_STRING}      ^id=(\d+)$
RewriteRule  ^folder/$                         /folder/id/%1  [l]

я предполагаю, твоя проблема заключалась в том, что ты знак вопроса не экранировал в rewriteRule