Представим себе след. задачу: необходимо чтобы в репозитории помимо файлов, касающихся самого проекта, пристутствовали файлы с настройками IDE. Однако основная суть состоит в том, чтобы разработчики, работающие над проектом могли склонировать репозиторий с файлами настроек IDE, но не могли в последствии эти файлы настроек коммитить в центральный репозиторий. Т.е. необходимо добавить эти файлы в .gitignore. Но на основном сервере это сделать нельзя т.к. в таком случае эти файлы вообще не будут склонированы. Сейчас пользователь должен самостоятельно внести эти файлы в .gitignore. Можно ли этот процесс каким-либо образом автоматизировать или есть принципиально другой подход для решения подобных задач?

Не хранить специфичные для отдельного пользователя файлы настроек в репозитории. Не важно что у вас за репозиторий (Git, SVN, ClearCase...).

Ok, а как быть в случае, если я работаю над проектом на разных машинах и хочу склонировать настройки IDE для себя на другой компьютер?

Просто скопируйте необходимые файлы с настройками на другой компьютер.

Используй шаблонный файл. settings_ide.tmpl. На конечных компьютерах копируешь этот файл и добавляешь в игнор.