Имеется большая куча мелких файлов общим весом десятки гигабайт. Обращаться к ним нужно редко, изменять и дополнять их — ещё реже.
Названия файлов могут быть довольно длинными, чувствительными к регистру, содержать символы различных национальных алфавитов.
Периодически нужно эту кучу просматривать, и выдёргивать те или иные файлы.
Хранить кучу в исходном виде нецелесообразно ввиду больших временных затрат на копирование/восстановление/проверку разделов диска.
Поэтому кучу нужно запаковать в один архивный файл, который бы:

• сохранял все имена и структуру;
• позволял легко просматривать и получать доступ к файлам;
• был кроссплатформенным.

Были предприняты безуспешные попытки использовать ISO-образы (mkisofs). То из-за длины файлов, то из-за кодировок ISO образ не хотел создаваться. Поэтому пока смотрю в сторону виртуальных дисков типа тех что создаёт TrueCrypt.

Что можно ещё посоветовать?

Нужно было вместо iso-образа создавать udf-образ. Можете еще посмотреть tar.

zip?

Если zip, то обязательно последних версий стандарта (и соответствующие программы, поддерживающие этот стандарт), так как этот формат совсем недавно стал работать с Unicode-овыми именами файлов.