Некоторые программы не могут установиться. Например одна бесконечно определяет свободное место, вторая пишет, что его не хватает (хотя места - сотни Гб), а третья вообще без объяснения причин не смогла установиться. 

В других местах эти программы устанавливаются. Я подозреваю, что дело в том, что у меня зеркалка (RAID 1) на двух винтах разных производителей. 

Была ли у кого-то подобная проблема из-за RAID и можно ли как-то лечить? Я пока придумал только отцепить один диск, установить, а потом обратно подцепить. Но правда ещё не пробовал.

Попробуйте обновить драйвера RAID-контроллера.