Мы всегда использовали tomcat как сервер для наших апликаций. Темер клиент хочет, чтобы апликаця крутилась на WebSphere. Можно просто war падеплоить в WebSphere или при работе с WebSphere есть свои тонкости и нюансы ?

Скорей всего проблем не будет. 

просто задеплоить - да, проблем не будет. а вот чтоб все заработало - с этим придется повозится почти наверняка.

Можете привести какой пример или сказать в чем могут быть подводные камни ?

Вряд ли. Если приложение переносится с томкэт-а. Вот если с другого Апп Сервера (и при этом использует некоторые его функциональные возможности) - то проблемы могут быть)

Например, если вы использовали файл context.xml в папке META-INF вашего варника. Больше на вскидку не придумать. В томкате действительно мало "фич":)

ну когда я проделывал такое, у меня были проблемы с такими моментами:
1) если использовать веб сферу, придется использовать сдк от ibm - в это сдк почти нету классов для работы с сертификатами (таких как X509 и тд) - пришлось доделывать это
2) проблемы с несовместимостью версий библиотек - в самой веб сфеер много библиотечек, которые я ложу в свое приложение и зачастую их версии разные - получал я эксепшены вроде NoClassDefFound и NoMethodFoundException. 
3) так и не разобрался, как на сфере сделать простенькое хранилище для файлов - в томкате я просто создал директорию в webapps и заливал туда. на сфере такой вариант не пройдет - пришлось их заливать во внутрь моего приложения, что не очень хорошо. кроме того, веб сфера по всей видимости не поддерживает возобновление приостановленной закачки (в этом не уверен, если кто прояснит, буду очень благодарен   )
4) я еще переходил на ibm db2 - вот с этим было тоже много проблем, даже хибернейт не от всего спас. но это другой момент.

И что Вы тогда делали? Переписывали свой код для версий которые были в веб сфере ? А если там постарее версии джаров ? Может ето можно решить както с класс лоадером ?

Веб сфера позволяет полностью рулить класслоадингом, я это так и решил, но потребовалось некоторое время, чтобы прийти к этому решению.    

Делали сервисы, которые без изменений деплоились и работали под WebSphere CE 1.1 (фактически, tomcat), WebSphere Base 6.0, WebLogic 10.2. Один и тот же war. И сторонних библиотек много использовали.