Доброе время суток. Для диссертации необходимо разобраться в заявленной теме. Гугль не помог. Если можно, поделитесь ссылками, пожалуйста, так как я пока не имею представления, в каком направлении двигаться. И если запостил тему не в том разделе, просьба модераторов отправить, куда нужно.


Всем заранее спасибо

Даже и не знаю. В теории не должно быть различий (хоть сколь нибудь существенных) в проектировании ПО для различного применения.

Далее ПО для научного применения можно разделить на 3 группы:

• ПО для обработки, анализа, графического представления данных и т.п. Зарактерно отсутствие научной новизны что-ли. И массовость, в смысле, что пользуют все исследователи независимо от области. Маткады там всякие, Ориджины.
• ПО для получения экспериментальных данных. Компутер подключён к прибору, на нём крутится программулина.
• ПО для компьютерного моделирования. Численный эксперимент. Всякие квантово-химические считалки, например.

Последняя группа наимененее монетизирована. Поэтому и проектирования тут (зачастую) нет как такового.  Вот, пожалуй, и особенность. Computational science: ...Error. Там, конечно, не вся правда, мягко говоря. И брехни много. 

Ну, там много правды) Сегодня только был пример - смотрел исходник программы на фортранее, которая считает износ заземлителей сложной формы. Ни одной строчки кода и ничего непонятно. Может, оттого, что я не знаю фортран, но я разобрался без проблем в орошо документированном скрипте на перле, который я тоже не знаю и поправил его как мне было надо. 
Спасибо за коммент, твоих мыслей я ждал больше всего) Но может, еще кто-то выскажется?

Основная особенность проектирования - это его отсутствие в подавляющем большинстве случаев.   

Причин несколько:
1) Во многом проектирование заменяется аккуратной математической постановкой задачи. По крайней мере, общая схема кода таким образом успешно задается.
2) Очень велика "смысловая нагруженность" практически любого участка исходников. Проектирование оказывается наиболее полезным в ситуации, когда значительные участки конечного кода являются "типовыми" и реализуют какие-то стандартные алгоритмы. В научном коде такое встречается редко, поэтому этап проектирования в обычном его понимании почти полностью совпадает с собственно написанием кода.
3) Наоборот, объем кода в строках, как правило, невелик. Количество разработчиков (они же тестеры и т.д.) редко превышает 4-5 человек, поэтому унификация кода и т.п. задачи не слишком важны для  достижения результата. 
4) В силу специфики задач такой код крайне редко (да, пожалуй,  уже можно говорить, что просто никогда) пишется людьми, у которых основной профессией является программирование. А специалисты в предметной области, которые пишут этот софт, не всегда знакомы с "правильными методами написания программ", и зачастую не стремятся ознакомиться.

Все это относится, в классификации kemiisto, к второй и третьей группе программ. Первая - совершенно другой тип, ничем, в принципе, не отличающийся от массового прикладного ПО (например, от офисных пакетов), соответственно, и принципы разработки там совершенно другие.

Всем спасибо за комментарии) Вопрос решен