Подскажите, пожалуйста, CMS
Имеется xml дерево, которое представляет собой набор html-документов, связанных между собой уникальными ключами. Необходимо динамически отражать страницы, сохраняя структуру.
Доступ пользователей к элементам дерева, необходимо разграничить с помощью Active Directory.

В качестве примера раздел «библиотека» сайта http://msdn.microsoft.com/ru-ru

Скорее всего, нужно самому писать систему. Сомневаюсь, что системы с функционалом конкретно под Вашу задачу - существуют.