нужно:

если запрос не обращается к конкретно к файлам типов (js|ico|gif|jpg|png|css), то срабатывало правило
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

т.е. строка запроса дописывается после index.php/

RewriteRule ^([a-z0-9]+)\.^(js|ico|gif|jpg|png|css)$ index.php/$1 [NC,L]

как-то так

я знаю о такой конструкции - RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
она проверяет идет ли обращение на реальный файл

можно ее как-то задействовать?

igragal, Вам бы лучше установить nginx как фронт-энд для apache, и чтобы он отдавал статические файлы.

С ним и настроить это будет легче чем апачевский реврайт, да и прирост в скорости тоже.