Вот есть директория '/home/deer/test'
я хочу её прочитать. пишу

Как мне тоже само сделать, если директория на другом сервере?
Смотрю модули. типа http://search.cpan.org/~bnegrao/Net-SSH-Ex.../SSH/Expect.pod
Получается надо команду послать и самому её распарсить?
Как правильно делать?сВ скрипте и mkdir и rm присутствует. Логины и разрешения для пользователей есть

Попробуй модуль Net::SFTP::Foreign.

Когда пришлось с файлами по ssh работать я его использовал, у меня никаких нареканий, правда он требует установленной локально утилиты ssh. Плюс нужно, чтобы на ssh-сервере была включена опция SFTP (обычно включена).

Остальное в документации к модулю и описании протокола SFTP, кстати с FTP он ничего общего, кроме похожего названия, не имеет, это расширение для SSH, для работы с файлами и фс.

Кстати модуль Net::SFTP не рекомендую, ибо он заброшен и там есть куча багов.