А что если некий юзер в некой организации установил на компьютер программу бесплатную для некоммерческого использования. Как в этом случае трактовать использование? То ли, раз комп рабочий то и использование коммерческое, пускай это даже какой-нибудь винамп. То ли как-то определяется включённость ПО в производственный процесс.   

Я думаю, что это должно быть прописано в самой лицензии и зависит от типа программы. В том же авасте прямо пишется в лицензии, что если программа устанавливается на рабочий компьютер или просто компьютер используется для  работы(домашний офис), то бесплатная лицензия применена быть не может. Если в лицензии ничего такого нет, то, по всей видимости, коммерческим можно считать то использование, при котором из работы самой программы извлекается выгода. ИМХО Ессно.

прямая или косвенная
а под косвенную выгоду можно что угодно приписать