IDE моя компилит так 

gcc -O0 -Wall -c -std=c99 -MMD -MP -MF"$(@:%.o=%.d)" -MT"$(@:%.o=%.d)" -o"$@" "$<"

и
gcc -O0 -g -c -std=c99 -MMD -MP -MF"src/sharedMemory.d" -MT"src/sharedMemory.d" -o"src/sharedMemory.o" "../src/sharedMemory.c"

что за флаги такие y gcc, нигде ничего найти не смог и для чего файлы с расширением d

d - от слова dependency - зависимость. таким образом создаются списки заголовочных файлов, используемых исходником, для отслеживания зависимости от них.

для начала man gcc, неужели там ничего не нашел...
цитирую оттуда

-O<число> - читается как "буква О нуль" (в твоем случае) - уровень оптимизации
-Wall - максимум ворнингов
-c - компилить 
-std=<> - стандарт языка (в твоем случае расширение языка c99)
про различия -M, -MMD, -MP, -MF почитай в мане
http://linux.die.net/man/1/gcc

$@, $< - ответы тут http://www.tver.mesi.ru/e-lib/res/347/MAKE.htm


"$(@:%.o=%.d)" тут, затрудняюсь ответить, но это регулярное выражение отвечает за формирование имени конечной цели, подробнее наверное или в мане по make или того же gcc
может тут что есть
http://ftp.linux.kiev.ua/pub/docs/developer/tools/make.txt
но я полагаю, что имя целевого файла равно имени файла %.o и имени %.d, то есть имя как раз равно '%', не помню уже, поэтому пускай меня поправят

Добавлено через 45 секунд
-g - дополнительная информация для gdb

не понятно несколько моментов

1) как в мане(не в гугле) быстро найти место относящееся к нужным флагам, что-бы не читать 50 страниц про ARM, Preprocessor  и все остальное (что-то типо man gcc -MM ) 
2) почему Эклипсе под Линукс строит мэйк файл а под винду нет? и как это изменить в настройках среды (это не форум Эклипса но тем не менее ,в гугле искал ничего толкового не нашел)
3) Что делать с оптимизацией? , из каких соображений исходить устанавливая уровень ?
4) Для чего во многих IDE eсть Release mode & Debug mode ? если можно просто  добавить флаг - g ?? 

В man есть поиск. Нажимаете "/" и вводите то, что требуется найти. Переход к следующему вхождению - "n".

Зависит от проекта. Если нужен бинарник минимального размера - ставим -Os. Если требуется быстрая работа кода - манипулируем -On, n =~ [1..3]. Если нужна облегченная отладка - ставим -O0.


Несколько моделей сборки крайне удобны:
а) когда есть части кода, регулируемого препроцессором;
б) когда один и тот же код собирается под разные архитектуры;
в) для тестовых веток;
г) для сборок с разными флагами (например, -O0 -g -pg - сборка бинарника без оптимизации, с отладочной информацией и информацией для профилирования);
д) когда собирается сразу несколько бинарников с разными опциями компиляции;
е) и прочая прочая...
Конечно, никто не запрещает тупо открывать настройки проекта, ставить флажки, компилить, открывать настройки, убирать флажки, компилить, открывать настройки, ставить флажки...