Написал движок для внутреннего использования по филиалам... Теперь появилась задача сделать централизованное обновление софта и mysql.

Сейчас решаю задачу влоб, т.е. на http://update.xxxxx лежит папка с подпапками по версиям 101,102,103...
В каждой необходимые для обновления файлы и скрипт для установки вида:
---- cut -----------------
add|txt|путь откуда файл|путь куда файл  # добавление нового файла
...
sql|путь к sql файлу   # выполнение скрипта
--------------------------- 
Система смотрит на http://update есть ли версия старше на 1, чем своя и если есть скачивает скрипт и построчно его обрабатывает....
У данного подхода одни сплошные минусы...

Не подскажите, как правильнее было бы все организовать?
Хотелось бы как-то так, чтобы возможно было бы прикрутить точки восстановления...

Мне показалось, что вам нужна система контроля версий
Git, Svn, ...

Модули Perl хранятся в БД с соответствующими атрибутами, типа даты и версии. Грузятся веб-сервером в момент его запуска.