Cобственно как обычное ламерьё я сляпал нечто иногда работающее, а потом решил спросить во что же я вляпался)

Пока есть маленький редактор, который превращает вики-разметку в html, её юзер редактирует в iframe, затем идет обратная трансляция в wiki-синтаксис. Есть поддержка форматирования в виде жирного и курсивного шрифта, Hn. Но порой проскакивает, что после неочевидного редактирования мои теги превращаются в что-то типа 
о чем упоминается тут.

Хочется узнать, как бы вы организовали нужный мне редактор, а я с вашими советами дописал бы имеющийся редактор...

 А в чем проблема? Каждый броузер норовит по своему поставить классы в редактируемом тексте. Тут не нужно удивляться, можно разве что незлым тихим словом вспомнить разработчиков   
Как вариант лечения - все неизвестные кусочки (неизвестные классы, атрибуты) просто игнорировать и говорить, что так и должно быть.