На сайте реализован поиск по кастомным полям с помощью плагина wp
custom fields search.
И при включении ЧПУ и переходе на пагинаторе на следующие страницы,
ломаются ссылки.
Если ли альтернативные способы организовать подобный поиск по custom
fields или отключить ЧПУ исключительно для страниц поисковой выдачи wp
custom fields search? Любые другие способы решения проблемы, кроме
полного отключения ЧПУ приветствуются.
Заранее благодарю за дельный совет.

http://wp-admin.com.ua/views-types-cred-aaccess/

Отличный плагин, из подборки советую посмотреть views и types. Последний функционал плагина показал что можно делать фильтры и возможно поиск. Очень советую почитать и посмотреть не только у меня на блоге обзор, но и на оф. сайте.