У меня есть сервер и пара клиентов, которые соединены с пощью TCP - как мне теперь сделать под ними ещё преложение, которое не было бы  "видно" сверху, но криптовала бы всё.

Тоесть сейчас клиент должен сначала соединиться с этим приложением (типа CryptCat, только вместо sdtin/out другие сокеты), которое соеденяется с таким же приложением на стороне сервера, а то в свою очередь с настоящим сервером. -Но мне надо что бы клиент соединялся с сервером напрямую, но через моё приложение. - Что то типа IPsec тунеля.

Знает кто как это реализовать?

openvpn

Да, есть много вещей, но мне не нужен огромный Framework, а нажно точное решение именно для моего случая  - и я намереваюсь сделать это сам, только не знаю каким образом реализуются тунели в C/C++

Tima22, 
тогда смотреть в сторону виртуальных сетевых интерфейсов