Не как не могу взять в толк, где в FileZilla реализован функционал SFTP. Поддержка шифрования данных - это хорошо, но где остальной функционал? Где возможность выполнять удаленные команды на сервере, на пример архивация/деархивация каталогов?

а меню "Сервер->Ввести команду" не то?

Это RAW FTP команды. Честно говоря даже не знаю что это за команды. Судя по скудным данным в инетрнете я так понял, что это как-ой то стек команд оболочки nix, реализованный в протоколе FTP.

Но это не то. Во первых набор команд ограничен стандартными функциями FTP (что вполне логично), а во вторых FileZila не отрабатывает эти команды, если войти по протоколу SFTP.

На деле протокол SFTP позволяет отправлять любые команды в оболочку системы сервера, но похоже FileZila просто игнорирует эту возможность. 

Если интересно, можете посмотреть реализацию полного функционала в WinSCP