Разгонять perl скрипт можно.
Не сказать, что можно выиграть на порядок в скорости (ну, если там не совсем маразматичный код), но что-то делать можно.
Да, хэши вроде как и быстры, но они медленнее массива
Рекомендую освежить память, http://perldoc.perl.org/fields.html , что-то почерпнуть можно.
Ну и, алгоритм, его можно улучшать бесконечно.
Смотрите какая операция у вас самая частая - отталкивайтесь от этого.
Если можете обойтись без множественного вызова функции путем дублирования кода - дублируйте код (ой, за это меня казнят ) ) - но, мы же оптимизируем скорость  

или использовать xs:

# perl -MBenchmark=timethese -MList::Util=sum -e 'my @a = 0..1023; timethese ($ARGV[0], { XS => sub { return sum @a }, Perl => sub { my $a = 0; $a += $_ foreach (@a); return $a } } )' 1000000
Benchmark: timing 1000000 iterations of Perl, XS...
      Perl: 129 wallclock secs (109.62 usr +  0.00 sys = 109.62 CPU) @ 9122.42/s (n=1000000)
        XS:  7 wallclock secs ( 6.05 usr +  0.00 sys =  6.05 CPU) @ 165289.26/s (n=1000000)
#

ускорение в 18 раз

Всем спасибо! Перевариваю