Господа, здравствуйте. Никак не могу понять в чём дело...
Сделайте 2 шага:
1. Откройте яндекс, забейте слово "брахиалис", и не закрывая страничку с результатами, отложите её в сторону. Это первая страница.
2. Запустите простейший скрипт:


Теперь откройте получившийся файл 1.htm - это вторая страница.
Сравните.
На момент написания вопроса, на второй странице отсутствует сайт hardgainer.ru, который виден на первой странице под номером 4. 
В итоге, я получу неверные данные о позициях в яндексе, если попытаюсь парсить страницы, полученные этим скриптом. 

Пробовал запускать и с домашнего компа и с компа провайдера - ошибка остаётся. Может быть яндекс определяет скриптовые запросы и нарочно портит страницу? Как тогда симулировать запрос от пользователя? - примерчик бы  

Бывает такое с Яндексом. Воспользуйтесь http://xml.yandex.ru, меньше парсить будете . Но это не панацея от ощибок, делал скрипт для yandex xml и сталкивался с проблемой, когда на один и тотже запрос были разные ответы. Запрос был специальный, на выходе должна быть только одна найденая страница, и бывало что не находил эту страницу, хотя должен был и скрипт зацикливало , пришлось лепить "костыль" на повторную проверку.

User Agent одинаковый сделать?