Привет, у меня есть две одинаковые строки которые при var_dump имеют разную длину(+9). Долго искал в чем заморочка, в итоге случайно попробовал над обеими urlencode и в одной в конце оказалось %3F___SID%3DU.
Просвятите что это)

огрызок строки запроса GET (?___SID=U)
как попадает в строку инай   

А на каком основании делается предположение, что они одинаковые? Можно кусок кода или какие-то другие детали?

Детали можно:
ну как бы на том что var_dump показывал одинаковый вывод и разницу в длине, а echo просто одинаковый вывод.
Формально они конечно разные так как == и === дают оба false
А кусок кода ничем не поможет, так как это выводы от объектов
Но все же:
в Magento сравниваються
первый глючный с 
$this->getLinkUrl() где $this это Mage_Page_Block_Template_Links_Block
    public function getLinkUrl()
    {
        return $this->_url;
    }
(как он туда попадает не известно мне) 
и 
$this->helper('core/url')->getCurrentUrl()

 public function getCurrentUrl()
    {
        $request = Mage::app()->getRequest();
        $port = $request->getServer('SERVER_PORT');
        if ($port) {
            if ($port == Mage_Core_Controller_Request_Http::DEFAULT_HTTP_PORT) {
                $port = '';
            } else {
                $port = ':' . $port;
            }
        }
        $url = $request->getScheme() . '://' . $request->getHttpHost() . $port . $request->getServer('REQUEST_URI');
        return $url;
//        return $this->_getUrl('*/*/*', array('_current' => true, '_use_rewrite' => true));
    }

должно помочь спрятать сессию из строки запроса