Как мне узнать, цвет фона моего окна?

Свойство Background. Правда это не цвет, а кисть. Если она будет типа SolidColorBrush, то можно определить и цвет, в общем случае цвета заливки как такового может и не быть.

Не очень понял. у меня Background типа Brush.
Проста я часть окна сначала перекрашиваю в определённый цвет, а потом я хочу обратно вернуть этому участку цвет фона самого окна, чтобы этот участок перестал выделятся.

Что за часть окна? Вообще, скорее всего тебе нужно значение фона "части окна" в Brushes.Transparent (или просто Transparent, если задаешь значение в xaml). Это прозрачная кисть. Или же можно задать значение null.