Написал программу взаимодействующую со сканером(по средствам Twain). Протестировал на 3х сканерах - работает. Протестировал на виртуальном твейноском сканере - работает. Протестировал на виндовом виртуальном сканере(у меня доступен lexmark и Xerox) - работает. 
Но количество протестированных сканеров предельно мало. Подход один и тот же но, нашелся сканер на котором все плохо.

Есть у кого-нибудь опыт тестирование ПО для сканера или как это делать?
Существуют ли виртуальные сканеры имитирующие работу определенных моделей реальных сканеров н-р: FUJITSU fi-4990C?

Diego1, виртуальные сканеры, имитирующие работу реальных - конечно же существуют. Я только не уверен в том, что такое ПО можно достать в свободном доступе. Скорее всего, это закрытые разработки производителей самих сканеров.

По поводу того, что нашёлся экземпляр устройства которое не работает... - я честно говоря не удивлён. 100% универсальную программу сделать либо невозможно, либо крайне тяжело. К тому же, тот самый сканер который не работает, может просто не поддерживать TWAIN...